पानीको गुणस्तरले जलचरमा महत्त्वपूर्ण प्रभाव पार्छ। त्यसकारण, जलचरको लागि पत्ता लगाउने सूचकहरूसँग परिचित हुनु, नियमित पानीको गुणस्तर निरीक्षण गर्नु र समयमै पानीको गुणस्तर सूचकहरूको समायोजनको प्रतिक्रिया दिनु विशेष गरी महत्त्वपूर्ण छ।
जलीय खेती पानीको लागि मुख्य परीक्षण वस्तुहरूमा pH, अमोनिया नाइट्रोजन, घुलित अक्सिजन, नाइट्राइट, सल्फाइड र लवणता समावेश छन्। ती मध्ये, घुलित अक्सिजन र उचित pH आवश्यक अवस्थाहरू हुन्, जबकि अमोनिया नाइट्रोजन, नाइट्राइट नाइट्रोजन र सल्फाइड माछा र झिंगाको चयापचय द्वारा उत्पादित मुख्य विषाक्त पदार्थहरू हुन्। यी पदार्थहरूको सांद्रताको सही र समयमै मापन, र त्यसपछि सम्बन्धित उपायहरू अपनाउनाले माछा र झिंगाको बाँच्ने दरमा धेरै सुधार हुन सक्छ, र प्रजननको लागत घटाउन सक्छ।